码头的管理部门主要涉及以下几方面：
交通运输部
交通运输部负责 全国港口工程建设的行业管理工作。
交通运输部还主管全国的港口岸线工作，并会同国家发改委具体实施对港口深水岸线的使用审批工作。
省级交通运输主管部门
省级交通运输主管部门负责本行政区域内港口工程建设的监督管理工作。
所在地港口行政管理部门
所在地港口行政管理部门按照地方人民政府的规定具体实施本行政区域内港口工程建设的监督管理工作。
海洋渔业主管部门
海洋渔业主管部门作为游船游艇码头管理的主管部门。
水利局
河道码头由当地的水利局管理，负责河道码头运营管理工作。
土地管理所、河道管理所、环境卫生管理局、工商局、贸工局、税务局等
内河码头需要到当地土地管理所、河道管理所、环境卫生管理局、工商局、贸工局、税务局等部门办理相关手续。
总结：
交通运输部负责全国港口工程建设的行业管理工作，包括港口岸线的使用审批。
省级交通运输主管部门负责本行政区域内港口工程建设的监督管理工作。
所在地港口行政管理部门具体实施港口工程建设的监督管理工作。
海洋渔业主管部门负责游船游艇码头的管理。
河道码头由当地水利局管理。
内河码头需到多个相关部门办理手续。