超层违章建筑的处罚措施主要包括以下几点：
停工与拆除
管理部门在发现超层违章建筑后，有权要求施工单位立即停止建设活动，并拆除超出规定层数的部分。
罚款
对于违建单位，管理部门会处以罚款，以惩戒违法行为并防止类似情况再次发生。
罚款数额会根据违建情况的严重程度、影响范围和相关利益的大小等因素进行确定。
法律依据
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条至第六十六条明确规定了未取得建设工程规划许可证或未按照建设工程规划许可证规定进行建设的处罚措施，包括责令限期改正、罚款、没收实物或违法收入等。
其他处罚措施
对于无法采取改正措施消除影响的违章建筑，管理部门将责令限期拆除，若不能拆除，则没收实物或违法收入，并可并处罚款。
对于严重违建行为，还可以依法采取行政拘留、刑事处罚等法律制裁措施。
经济制裁
对于不拆除违建的单位，可以暂停或取消相关建设项目的市县财政补助或银行贷款，给予经济上的制裁。
建议：
违建单位应主动配合管理部门的调查，及时整改并缴纳罚款，以避免进一步的法律责任。
相关部门应严格按照法律规定执行处罚措施，确保城市规划的严肃性和公共利益的安全。