交通违章扣分在以下情况下会清零：
记分周期结束：
驾驶证的记分周期为12个月，从机动车驾驶证初次领取之日起计算。每个周期结束后，扣分会自动清零，前提是已经缴纳了所有罚款。
缴纳罚款：
如果在一个记分周期内，违章扣分不满12分，车主只需在周期结束前缴纳罚款，记分就会清除。如果扣分已满12分，则需要参加学习和考试，考试合格后，扣分才会清零。
处理时限：
一般情况下，交通违章扣分需要在十五天内处理。对于电子眼抓拍的违章，如果没有处理期限，一般只要在年检前去缴款就行。如果收到了有规定处理时限的违章罚单，则需要在该时限内去交罚款。
综上所述，违章扣分在缴纳相应罚款后，会在下一个记分周期开始时自动清零，但如果扣分达到12分，则需要参加学习和考试才能清零。建议车主在违章后尽快处理，以免影响驾驶证的正常使用。