非法开采的管理涉及多个部门，具体如下：
自然资源部门：
依据《矿产资源法》，查处非法采矿的执法主体是自然资源部门。自然资源部门负责监管矿产资源的开采活动，包括对未领取采矿许可证擅自采矿的行为进行查处。
公安机关：
如果非法开采行为构成犯罪，由公安机关进行侦查，人民检察院进行审查起诉，人民法院进行判决。公安机关负责处理非法采矿行为中涉及的刑事责任部分。
生态环境部门：
根据《生态环境保护综合行政执法事项指导目录》（2020年版），自然保护地内的非法开矿、采石、挖沙、建设等违法行为也纳入生态环境部门的综合执法清单。
综上所述，非法开采行为可能由自然资源部门、生态环境部门或公安机关管辖，具体管辖权取决于违法行为的性质和严重程度。对于行政责任，主要由自然资源部门负责处罚；对于刑事责任，则由公安机关进行侦查，并可能移交检察机关和法院处理。建议涉及非法开采的行为人及时向相关部门报告并接受调查，以明确责任和合法权益。