耕地荒废的管理主要由土地管理部门负责监管。根据《中华人民共和国土地管理法》和相关法规，具体职责如下：
土地管理部门：
负责土地资源的规划、管理和保护，包括耕地的保护。
农业部门：
参与耕地保护工作，特别是关于农业生产和土壤质量的问题。
乡镇人民政府：
与县级国土资源局和县级农业局一同，负有保护基本农田的法定职责。
举报机制：
公众可以向当地土地管理部门或农业部门举报耕地荒废的情况，并可拨打国土资源部门的违法举报受理电话12336进行投诉。
如果耕地荒废是由于非法占用或破坏耕地造成的，相关部门将依法进行调查处理，并可能追究刑事责任。