工程税费的扣除涉及多个税种及其相应的计算方法，以下是一些主要的税费及其扣除方式：
增值税
一般纳税人：适用税率为9%。
简易计税方法和小规模纳税人：适用税率为3%。
计算公式：增值税应纳税额 = 不含税营业收入 × 适用税率。
附加税
城建税：根据增值税的7%、5%或1%计算。
教育费附加：根据增值税的3%计算。
地方教育费附加：根据增值税的2%计算。
印花税
建筑安装工程承包合同：按合同承包金额万分之三计算。
个人所得税
个人收取工程款：一般按照20%—40%的税率征收，具体税率根据个人情况而定。
个体工商户收取工程款：个人经营所得税按照查账方式征收，税率为5%—35%的五级累进制计算，年应纳税额在200万以下可享受减半征收政策。
有限公司收取工程款：需缴纳企业所得税，税率为25%。
企业所得税
计算公式：应纳税所得额 = 会计利润 - 准予扣除的成本、费用和损失。
税率：一般企业所得税税率为25%。
扣税流程
增值税
根据工程项目增值部分计算，扣除可抵扣进项税额后得到应纳税额。
纳税人需按时向税务机关申报纳税，并提供相关凭证和资料。
附加税
根据增值税的相应比例计算，随增值税一同缴纳。
印花税
在工程结算时，按合同金额计算并缴纳。
个人所得税
个人需根据工程结算款计算税款，并按时申报缴纳。
个体工商户和有限公司需设立账目，按照相关税法规定计算和缴纳所得税。