二套公积金贷款的首付款比例主要依据当地政策和具体规定而定，但大体上有以下几种情况：
一般城市：
使用公积金贷款购买第二套住房的最低首付比例为30%。
部分城市：
不限购、限贷的城市，二套房商业贷款首付款比例为30%。
政策调整：
有些城市已经将二套公积金贷款的首付款比例调整为20%。
特殊情况：
如果首套房贷款已经还清，再申请公积金贷款的二套房首付比例可能会提高到50%。
因此，二套公积金贷款的首付款比例可能是20%或30%，具体比例需要参照当地最新的公积金贷款政策。建议在申请贷款前，详细咨询当地的公积金管理中心以获取最准确的信息。