如果您的护照在日本丢失，可以按照以下步骤进行补办：
报警并获得遗失证明
尽快前往您所在地的警察局或交番（警察亭）报案，并获取一份遗失证明书（如遗失届出证明书等）。
准备补办材料
遗失证明书。
3×4cm的照片若干张。
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
其他可能需要的文件，如警察署出具的【受理番号】、登录原票记载事项证明书、在留卡的复印件等。
前往中国驻日本大使馆申请补办护照
携带上述材料前往中国驻日本大使馆或领事馆，申请挂失和补发新护照。
在申请过程中，您可能需要填写一份详细的丢失经过书面报告，内容包括原护照的发照单位、时间、护照号码及出入境等情况。
等待审核并领取新护照
入国管理局会对您的申请进行审核，这个过程可能需要一定的时间，一般在几个工作日到几周不等。在此期间，您可以向入国管理局咨询办理进度。
审核通过后，您需要按照大使馆或领事馆的通知，携带相关文件前往领取新的护照。
补办在留卡
如果您需要补办在留卡，可以在拿到新护照后，前往日本出入境管理局申请补办。所需材料包括新护照、遗失报告、证件照和在留卡再交付申请书等。
注意事项
务必在遗失的14日以内到入国管理局申请在留卡的补办，以免影响您的合法居留和生活。
在补办过程中，如需使用护照，可以申办旅行证作为临时替代。
通过以上步骤，您应该能够顺利补办护照和在留卡。在整个过程中，请确保所有文件的真实性和完整性，并严格按照相关规定进行操作。