单位在特定情况下可以扣工资，主要原因包括：
员工存在违纪行为：
当员工违反单位规章制度或劳动纪律时，单位可以依据内部管理制度扣除员工部分奖励性待遇作为处罚。这种扣除必须合理且不得违反法律法规的强制性规定。
员工给单位造成直接经济损失：
如果员工因个人原因给单位造成直接经济损失，单位有权要求员工赔偿。单位可以从员工的工资中扣除相应的赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
其他法定情形：
包括员工旷工、迟到早退等严重违反劳动纪律的行为，或者员工在职期间触犯刑法被依法追究刑事责任等。
代扣代缴款项：
用人单位可以代扣代缴个人所得税、应由劳动者个人负担的社会保险费用及公积金、法院裁判中要求的抚养费、赡养费、扶养费等。
经济效益与工资挂钩：
当企业工资总额与经济效益相联系，且经济效益下浮时，工资必须下浮，但支付给劳动者的工资不能低于当地最低工资标准。
其他合法扣除：
因劳动者请假等相应减发工资，或法律、法规规定的其他可以从劳动者工资中扣除的费用。
需要注意的是，单位在扣工资时必须遵守相关法律法规，并且必须有合理的理由和依据。如果单位随意克扣工资，劳动者可以向劳动监察大队投诉，维护自己的合法权益。