新三板的协议转让和做市转让是两种不同的交易方式，它们的主要区别在于交易对手方和交易机制的不同：
交易对手方不同
协议转让：通常是投资者与投资者之间直接进行交易，没有中间券商的参与。
做市转让：交易在投资者和做市商之间进行，做市商提供报价服务，并作为交易的对手方。
交易机制不同
协议转让：
可以是定价委托或成交确认委托。
定价委托下，投资者设定价格和数量，没有确定的交易对手方，交易信息公开显示。
成交确认委托下，买卖双方私下协商后，通过系统点对点成交。
不设涨跌幅限制，价格变动可能较剧烈。
做市转让：
做市商必须连续报出股票的买价和卖价。
投资者限价申报满足条件时，做市商有义务按报价履行成交。
做市商制度通过做市商报价形成交易价格，驱动交易发展。
市场影响
协议转让：可能使得股票价格更透彻体现公司价值，减少市场泡沫和炒作。
做市转让：由于做市商的存在，增加了市场的流动性，使得交易更加自由和便利。
交易特点
协议转让：交易相对随意，可以私下协商价格和数量，但流动性较差，很多公司挂牌后未有成交记录。
做市转让：交易对手方明确，只要报价区间内，做市商有义务成交，增加了交易的深度和广度。
这两种交易方式各有优缺点，适用于不同的市场环境和投资者需求。投资者在选择交易方式时应根据自己的投资策略和资金状况来决定