增值税发票不能折叠的原因主要包括：
影响认证和抵扣：
折叠可能会损坏发票上的独特识别码，这些识别码用于税务机关的认证和抵扣过程。如果认证不通过，可能会导致无法抵扣税款，从而造成经济损失。
财务数据准确性：
增值税发票记录了企业的销售和购买行为，折叠可能导致信息模糊，影响财务数据的准确性。
审核工作难度：
增值税发票需要经过税务机关的查验，折叠的发票可能给审核工作带来困难，增加工作量，甚至可能导致发票作废。
法律依据：
根据《增值税专用发票使用规定》，一般纳税人在特定情况下不得领购开具专用发票，这也包括保证发票的完整性和真实性。
如果确实需要折叠增值税发票，可以尝试以下方法：
将发票联和抵扣联面对面放置，在带孔的边缘上用力划一下，确保没有划痕后再进行折叠。
如有划痕，可以在两联之间垫上一张薄纸再尝试折叠。
请注意，这些建议仅适用于实际操作中的小幅度折叠，不意味着可以随意折叠增值税发票。对于普通发票，由于不需要经过税务机关认证，通常可以折叠，但最好保持平整，避免信息受损。